Mi sono trovato di fronte a questo problema: con una scheda nvidia riesco a settare X a una risoluzione ottimale. Purtroppo a ogni reboot, il file /etc/X11/xorg.conf viene sovrascritto da una versione di failsafe che forza una risoluzione minima.

Non trovando al momento una soluzione definitiva ed elegante al problema, ho impostato un accrocchio (che poi ho visto essere usato da altri utenti Linux sparsi per il mondo)

Impostare correttamente il sistema grafico
eseguire il comando "chattr +i /etc/X11/xorg.conf"

Il secondo comando rende il file "assolutamente non modificabile", nemmeno dall'utente root.

Se qualcuno nel frattempo conoscesse la soluzione elegante, saremo ben lieti di impararla. :-)